Sous tutelle du CNRS, des établissements universitaires de Rennes, Nantes et Le Mans, du Ministère de la Culture et en partenariat avec l’INRAP, le CReAAH développe ses programmes recherches au sein des structures fédératives sont l’OSUR et l’OSUNA, la MSHB et la MSH Ange Guépin, les GIS « Amériques » et « Histoire et Sciences de la Mer ».