Sous tutelle du CNRS, des établissements universitaires de Rennes, Nantes et Le Mans, du Ministère de la Culture et de l’INRAP, le CReAAH développe ses programmes recherches au sein des structures fédératives que sont l’OSUR et l’OSUNA, la MSHB et la MSH Ange Guépin, les GIS « Amériques » et « Histoire et Sciences de la Mer ».